Como un primer antecedente histórico, esta área llevaba el nombre de Área de Bancos, fue hasta el año 2010 que pasa a ser Departamento de Tesorería, la cual jerárquicamente dependió de la Dirección de Recursos Financieros hasta agosto del año 2014.
Durante los últimos años, dicho departamento ha vivido múltiples e importantes cambios a raíz de sus actividades y expansión de sus funciones sustantivas. Pues en el año 2014, el Departamento de Tesorería dejó de pertenecer a la Dirección de Recursos Financieros y pasó a la División de Administración y Finanzas, actualmente denominada Coordinación de Administración y Finanzas.
Durante el año 2021, se modificó la estructura organizacional de lo que era el Departamento de Tesorería y se creó la Dirección de Tesorería, aprobada por el Honorable Consejo Universitario el 10 de diciembre de 2021, bajo el acta número 372.