El 17 de junio de 1973, cuando el Honorable Consejo Universitario decreta la creación del Instituto de Investigación Científica y Tecnológica, el cual inicia sus actividades el primero de agosto del mismo año; en 1977 cambia de nombre a División de Investigación y Tecnológica.
En la década de los años ‘80, y con la finalidad de impulsar la función, se inicia la creación de centros de investigación dependientes de esta división.
En 1993 la División de Investigación y Tecnología cambia su nombre por División de Investigación y Posgrado, al incorporarse la Dirección de Estudios de Posgrado, que dependía de la División de Docencia.
La UAEH, con el propósito de vincular las funciones de docencia e investigación, establece que sus centros de investigación se integren a las Dependencias de Educación Superior (DES). En el año 2001 todos los centros de investigación surgen al interior de la DES.
El 5 de enero de 2020 se publicó en la Garceta de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, órgano informativo oficial, el Reglamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, donde se establecen las funciones de la División de Investigación, Desarrollo e Innovación (DIDI), que incluye las competencias de la Dirección de Investigación.