La Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo ha vivido múltiples e importantes cambios, caracterizados por un rápido desarrollo de cada una de sus funciones sustantivas.
En un comienzo las actividades financieras eran desempeñadas por la Tesorería, durante la gestión rectoral del Ing. Carlos Herrera Ordóñez, en el año 1976, se creó el Departamento de Contraloría donde su función era la administración de los recursos financieros, humanos, materiales, adquisiciones y almacén.
En 1979 dada la importancia del nuevo esquema normativo y de control, basado en los principios de eficiencia y eficacia, tendientes a optimizar y racionalizar los recursos de la Institución, se eleva al rango de Dirección General de Contraloría. En 1983 se modifica nuevamente la estructura orgánica de la Universidad, la Dirección General de Contraloría se convierte en la División de Administración y Finanzas, se crea la Dirección Financiera, simultáneamente se origina el Departamento de Control Presupuestal.
El 31 de diciembre de 2015, siendo rector el Mtro. Humberto Augusto Veras Godoy (2012- 2016), la LXII Legislatura del H. Congreso Constitucional del Estado Libre y Soberano de Hidalgo, a través del decreto número 638, modificó la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo y se crea el Patronato como autoridad universitaria, por lo que la División se transforma en la Coordinación de Administración y Finanzas, como una de las dependencias de su estructura y partir del 13 de enero del 2016, el Presidente del Patronato en funciones designa a la L.C. Gabriela Mejía Valencia, Coordinadora de Administración y Finanzas.
El 8 de febrero de 2019 se restructura la organización interna de la Coordinación de Administración y Finanzas, separando al Departamento de Control Presupuestal de la Dirección de Recursos Financieros, creando así a la Dirección de Control Presupuestal , quedando a cargo como Director el L.C José Cruz Espitia.
En 2021, el L.C. Paulino Yeso Olguín es nombrado Director y el L.A. Fredy Tomás Ávila Santander ocupa el cargo de subdirector, tomando la decisión de reestructurar la Dirección creando tres nuevos departamentos: Departamento de Ingresos a cargo de la L.C. María Fernanda Sarmiento Morín, Departamento de Egresos a cargo del L.C. Gustavo Adán Cervantes Ortiz y Departamento de Análisis y seguimiento, a cargo del L.C. David Gómez López.