Los cuatro programas centran su proceso formativo en las cinco líneas de investigación que comprende el Centro de Investigación en Ciencias y Desarrollo de la Educación (CINCIDE), que también pertenece al Área Académica de Ciencias y de la Educación y que cuenta con el reconocimiento RENIECYT, que otorga el CONACYT, que se creó junto con el programa de DCE.
El CINCIDE cuenta con cinco líneas de investigación en las que se insertan las propuestas de su población estudiantil que optan por la titulación con tesis en sus cuatro programas: