En 1945 se creó la Escuela de Medicina dentro del Instituto Científico y Literario (ICL). Al inicio de sus actividades, con dos años de la carrera de médico cirujano, se instaló en el edificio del Hospital Civil, teniendo como fundador y primer director a Ricardo García Ysunza; el resto de la licenciatura se cursaba en la Universidad Nacional Autónoma de México.
En 1963 el ICL cambia a Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo (UAEH) y se acredita su existencia en el marco jurídico de la legislación universitaria, de esta forma adquiere libertad organizativa dentro del marco de la Ley Orgánica de la UAEH; para ese entonces la Escuela de Medicina contaba con 272 alumnos.
En el año de 1973 se aprueba el proyecto curricular de la licenciatura de Médico Cirujano, instalándose en este momento la carrera completa de seis años en la misma UAEH; su primera generación de egresados fue en 1978. Entre 1984 y 1986 se crean los posgrados en el área de Medicina con las especialidades en Salud Pública, Cirugía, Gineco-obstetricia, Anestesiología, Salud y Seguridad en el Trabajo. En 1991 se amplía la oferta con las especialidades de Medicina Interna y Pediatría. En el periodo 1986 -1991 se obtuvo la mitad del Hospital Civil de Pachuca. En 1997 se aprueba la especialidad en Ortopedia y Traumatología, y la Subespecialidad de Neonatología.
En 1999 se aprueba el Proyecto de Integración del Instituto de Ciencias de la Salud (ICSa), en el que se incorporan las áreas académicas de Enfermería, Medicina, Odontología, Farmacia, Nutrición y Psicología, cuyo objetivo es formar profesionales con un profundo sentido de solidaridad, responsabilidad social y formación integral ética, científica y técnica. En 2010 se suma la licenciatura en Gerontología. En el mismo año se rediseña el programa educativo de Médico Cirujano e inicia en el segundo semestre del año 2001.
En el 2000 inicia la Maestría en Ciencias de la Salud con énfasis en Salud Pública e Investigación Clínica. En 2010 se crea la Maestría en Ciencias Biomédicas y de la Salud, reconocida por el Programa Nacional de Programas de Calidad del Conacyt. En 2011 inician los programas educativos de posgrado en especialidad de Urgencias Médicas y Medicina del Enfermo en Estado Crítico. En 2013 se crea la Maestría en Salud Pública, también reconocida por Conacyt como programa de calidad.
La primera acreditación del programa educativo de Médico Cirujano de la UAEH ante la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina, A.C. (AMFEM) se obtuvo en el año 2001 con una vigencia de 5 años. En los años 2006, 2011 y 2016, ya como Área Académica de Medicina se acredita nuevamente el plan de estudios por otros cinco años ante el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica (COMAEM). En 2023 se evalúa nuevamente.
Por otra parte, los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de Educación Superior (CIEES) evaluaron los contenidos programáticos, infraestructura, capacidad académica y estructura orgánica al plan de estudios de 1990; se obtuvo el máximo nivel de evaluación y se mantiene esa calidad en las valoraciones de 2003 y 2017; en 2023 es su evaluación más reciente.
La Comisión Interinstitucional para la Formación de Recursos Humanos para la Salud (CIFRHS), a través del Comité Estatal de Hidalgo (CEIFRHS), otorgó la Opinión Técnico Académica Favorable en 2017 con una vigencia de cinco años; en 2023 se sujeta a evaluación para su renovación.