El camino de la enseñanza de la Odontología en la UAEH, inicia en el año de 1974, con la realización de estudios para fundamentar la creación de la carrera de Cirujano Dentista; la propuesta fue presentada y aprobada por el H. Consejo Universitario el día 7 de febrero de 1975. Con la implantación de esta licenciatura, nace también la Escuela de Odontología, iniciando sus actividades el día 16 de marzo de 1975.
El Área Académica de Odontología (antes Escuela de Odontología) inicia sus actividades de formación profesional de Cirujanos Dentistas en las instalaciones de la Escuela de Medicina y del entonces Hospital Civil de Pachuca. Este primer plan de estudios fue diseñado con el apoyo de la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional Autónoma de México y estaba conformado por 51 materias distribuidas en 9 semestres, 118 horas teoría y 174 horas práctica, lo que daba un total de 292 horas para 410 créditos.
Para 1978 fue nombrado director el C.D. Miguel Antón de la Concha para el periodo 1978-1986. A partir de este año se comenzaron los trámites para la construcción de una infraestructura ex profeso para la Escuela de Odontología, en los terrenos de la hoy Ciudad Universitaria. La construcción de la segunda etapa de las instalaciones fue concluida en el año de 1986, año en que fue nombrado director de la escuela el C.D. Manuel Chávez Muñoz para el periodo 1986-1994.
En 1989 y como respuesta a una política institucional, se inicia el proceso de revisión y evaluación curricular del plan de estudios de la carrera, cuya propuesta de modificación fue aprobada por el H. Consejo Universitario e implantada en 1990; esta dio como resultado, un nuevo programa académico para la Licenciatura de Cirujano Dentista, el cual entró en operación en julio de 1990; estuvo conformado por 61 asignaturas a través de 9 semestres, con 110 horas teoría y 194 horas práctica, para un total de 304 horas con 414 créditos. Sin embargo, en 1996, de acuerdo a la política educativa de la UAEH, se inició la evaluación del plan de estudios creado en 1990, al mismo tiempo la Escuela de Odontología se incorporaba al Instituto de Ciencias de la Salud (ICSa), proyecto que aglutinó las licenciaturas impartidas por la UAEH relacionadas con la salud. En 1999 fue aprobado p or el H. Consejo Universitario el modelo curricular que iniciaría su implementación en el año 2000 y que fue utilizado hasta el ciclo escolar julio-diciembre 2016. Estaba conformado de la siguiente manera: 70 asignaturas, impartido en 10 semestres, con características de flexibilidad que permiten al alumno cursarlo en 8 semestres.
En el 2015 se llevó una reestructuración del programa académico, el cual entro en vigor a partir de enero del 2017 y consta de un total de 272 créditos con 61 asignaturas, de las cuales 4 son institucionales y 12 pertenecen a programas institucionales de Lenguas (PIL), de Actividades Artísticas y Culturales (PIAAC) y de Educación para una Vida Saludable (PIAEVS). De estas, 8 asignaturas pertenecen al núcleo básico, 25 al profesional, 13 al complementario y 15 al núcleo terminal y de integración; se encuentran distribuidas en 11 períodos escolares. Las Prácticas Profesionales y el Servicio Social están ubicados dentro del mapa curricular.