La Licenciatura en Farmacia de la UAEH, es la primera Licenciatura en Farmacia con orientación a la Farmacia Hospitalaria y Clínica en el país, fue aprobada por el H. Consejo Universitario el 8 de abril de 1994 e inició sus actividades el 1° de Agosto de ese mismo año. El Área Académica de Farmacia del Instituto de Ciencias de la Salud, inició en el mes de marzo del año de 2001, desde entonces su plan de estudios se ha rediseñado dos ocasiones. Es así que el 23 de enero de 2017, y de acuerdo al último diseño curricular, inició la vigencia del nuevo plan de estudios aprobado por el H. Consejo Universitario.
Actualmente la Licenciatura en Farmacia cuenta con el nivel I de excelencia otorgado por los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES), y a 23 años de su creación, la Licenciatura en Farmacia cada vez toma mayor auge y prestigio, tanto en el Estado de Hidalgo, como a nivel nacional e internacional, por lo cual pese a su corto tiempo de creación, cada vez se consolida como una de las carreras con mayor futuro y que se verá reflejado, poco a poco en una mejora en los servicios de salud y de atención al paciente.