La Maestría en Ciencias en Automatización y Control está constituida por dos Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC). La primera de ellas es Sistemas No Lineales, en esta línea se sintetizarán, analizarán e implementarán sistemas de control no lineal mediante las siguientes estrategias (pero no limitadas a otras):
Dichas estrategias se aplicarán de forma numérica y experimental en las asignaturas y en los temas de tesis desarrollados dentro del DCAC, estrategia utilizada en el PEP-MCAC. Las aplicaciones de esta LGAC versan sobre sistemas térmicos, sistemas de visión, control de robots manipuladores y móviles, análisis de estabilidad, y sistemas biológicos.
La segunda línea de investigación es Control de Robots, en esta LGAC se desarrollarán, instrumentarán, y controlarán plataformas robóticas fijas (robots manipuladores) y móviles. Las aplicaciones de esta LGAC se diversifican en:
Sin embargo, esto no limita que se aborden otro tipo de aplicaciones.