El 3 de marzo del año de 1961 se creó la Escuela de Ingeniería Industrial, al mismo tiempo que la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo. Las razones que impulsaron la creación de la licenciatura en Ingeniería Industrial fueron: incorporar una carrera de carácter técnico a la naciente Universidad, así como atender el momento político en el cual se impulsaba la industrialización del país, particularmente en Ciudad Sahagún.
Fue el 13 de septiembre de 1974 cuando el Consejo Universitario aprobó la transformación de la Escuela de Ingeniería Industrial en el Instituto de Ciencias Exactas, el cual estaba integrado por dos áreas: "Las ciencias puras: que comprendían las matemáticas, la física y la química; y las ciencias aplicadas: que incluían las diversas ingenierías". En la primera de ellas se impartía la licenciatura en Química, en la segunda la de Ingeniería Industrial, contemplándose, además, un posible incremento de la oferta educativa en las dos áreas.
En este contexto el 8 de diciembre del año 2000 se creó el Instituto de Ciencias Básicas e Ingeniería, estableciendo como sus actividades principales la docencia y la investigación.
Hace cincuenta años el instituto solo ofertaba un programa educativo, al día de hoy se cuenta con infraestructura para trece programas educativos de licenciatura y quince de posgrado distribuidos en seis Áreas Académicas: Biología, Ciencias de la Tierra y Materiales, Computación, Ingeniería, Química y Matemáticas y Física, los cuales generan aportaciones científicos en sus 20 Cuerpos Académicos y 4 Grupos de Investigación.
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Área Académica de Biología
Área Académica de Ciencias de la Tierra y Materiales
Área Académica de Computación y Electrónica
Área Académica de Ingeniería y Arquitectura
Área Académica de Matemáticas y Física
Área Académica de Química