En 1999 se crea esta dirección como la Secretaría Académica, pero en el mismo año se le asigna el nombre de Secretaría de Relaciones Interinstitucionales como una instancia de apoyo a la gestión rectoral para fortalecer sus procedimientos sustantivos; se le asignan actividades de gestión, de vinculación y participación interinstitucional.
A partir del año de 2007 se reconoce a esta dependencia como Dirección de Relaciones Interinstitucionales, dependiente de la Secretaria General y a partir del mes de enero del 2012, la Dirección forma parte de la Secretaría de Desarrollo Internacional, de acuerdo a los artículos 71 y 72 del Estatuto General de la UAEH.