La actual Dirección de Recursos Financieros tiene su origen en las necesidades y requerimientos de la época, por lo que sus actividades se identifican en los organigramas que han regido la vida Institucional.
Hasta el año de 1976 las actividades financieras formaron parte de la Tesorería, y fue el Prof. Tomas Deveraux Sánchez, quien por más de 20 años fue su titular, por lo que las oficinas que ocupo la Coordinación llevan su nombre.
Durante la gestión rectoral del Ing. Carlos Herrera Ordóñez se modificó por primera vez la estructura organizacional de la hasta entonces Tesorería General de U.A.E.H., dicha modificación consistió en crear el Departamento de Contraloría. Sus funciones eran las de administración de los recursos financieros, humanos, materiales, adquisiciones y almacén, recayendo el nombramiento en la persona del Lic. Enrique Gutiérrez Escobedo.
Para el año de 1979 dada la importancia del nuevo esquema normativo y de control, que se basa en los principios de eficiencia y eficacia tendientes a optimizar y racionalizar los recursos de la Institución se eleva al rango de Dirección General de Contraloría, siendo designado para ello el Lic. Jorge Augusto del Castillo Tovar.
Durante la gestión rectoral del Lic. Juan Alberto Flores Álvarez en 1982, es designado contralor el C.P. Ciro Samperio Olivares.
En 1983 se modifica nuevamente la estructura orgánica de la Universidad, la Dirección General de Contraloría se convierte en lo que actualmente es la División de Administración y Finanzas, siendo designado como Coordinador el C.P. Ciro Samperio Olivares; y se crea la Dirección Financiera la cual queda a cargo del C.P. Sergio Mancera Mendoza.
Creándose a la vez el Departamento de Control Presupuestal y el Departamento de Contabilidad, fungiendo como responsable de Control Presupuestal el C.P. David Alejandro Ávila Cortes desde 1983 a 1986 y de Contabilidad la C.P. Mireya Samperio Olivares desde 1982 a 1983.
En el lapso 1983-1984 asume el cargo de Jefe del Departamento de Contabilidad el C.P. David Ávila Cortes, posteriormente el C.P. Carlos Alberto Rico Montes en el ciclo 1984-1985.
En 1984 es designada como Coordinadora la Q.F.B. Silvia Parga Mateos.
A partir de 1986 el rector Lic. Juan Manuel Menes Llaguno designa como Coordinador de Administración y Finanzas al Lic. Jorge Augusto del Castillo Tovar, y al mismo tiempo designa como Director Financiero al C.P. David Alejandro Ávila Cortes quien funge hasta el 08 de Noviembre de 2004, en el Departamento de Control Presupuestal queda como responsable la C.P. Claudia Esther Mattar García de 1986 a 1997 y en la Jefatura del Departamento de Contabilidad asume el cargo el C.P. Vianey Melo Zuviri en el periodo de 1985 a 1987.
En el espacio del año 1987 a 1991 el Departamento de Contabilidad queda al mando del C.P. Lázaro Luis Morales, en seguida del año 1991 a 1995 se designa al C.P. Alfredo Cabrera Román.
Durante el periodo rectoral del Lic. Gerardo Sosa Castelán fue designada como Coordinadora de Administración y Finanzas la Dra. Susana Lilia Miranda Sánchez (1992-1993).
En los años 1993-1994 fue designado como Coordinador el Lic. José María Sánchez Ramírez.
En los años de 1994-1996 es nombrado nuevamente como Coordinador el Lic. Jorge Augusto del Castillo Tovar.
En el ciclo 1995-2000 la C.P. Claudia Esther Mattar García es designada como Jefe del Departamento de Contabilidad, siendo el C.P. Alfonso Acosta Delgado quien la sucede a partir del 2000 hasta el 2006.
En los años de 1996 a abril de 2001 es nombrado como Coordinador el Lic. Gonzalo Villegas de la Concha. En el año 1997 la responsable del Departamento de Control Presupuestal fue la C.P. Mireya Samperio Olivares (solo 6 meses), posteriormente asume el cargo en ese mismo año el C.P Carlos Alberto Rico Montes hasta el año 2002.
En abril de 2001 es nombrada como Coordinadora a la C.P. Esther Claudia Mattar García.
De mayo de 2002 a de noviembre de 2004 es nombrado como Coordinador al C.P. Ciro Samperio Olivares.
A mediados del año 2002 asume el cargo del Departamento de Control Presupuestal el Lic. Álvaro Agiss Mendiola hasta mediados del año 2004.
Del 9 de noviembre de 2004 al 23 de mayo de 2006 es designado el L.C. Alfonso Acosta Delgado como Director Financiero
A principios del año 2005 el Departamento de Control Presupuestal no cuenta con una persona al frente del área, hasta el mes de noviembre 2005 ocupa el cargo el L.C. José Cruz Espitia Pelcastre.
Del 8 de noviembre de 2004 a marzo del 2006 es nombrado como Coordinador al Lic. Gonzalo Villegas de la Concha.
En abril de 2006 es nombrado como Coordinador al C.P. Carlos Daniel García Reyes
En junio de 2006 es designado como Director de Recursos Financieros al C.P. David Alejandro Ávila Cortes
A inicios del año 2007 y a la fecha, asume el cargo de Jefe del Departamento de Contabilidad la L.C. Alejandra Verónica Soto Méndez.
El día 11 de mayo del 2010, la Dirección de Recursos Financieros es ocupada por el L.C. Armando Sánchez Pérez, nombrando a su vez a la L.C. Deyanira García Tovar como Jefa del Departamento de Control Presupuestal. En el mes de julio 2010, la Dirección de Recursos Financieros sufre una modificación en su estructura organizacional, integrando una Subdirección a cargo de la Lic. Maricela Escárcega Ramírez, mientras el Departamento de Tesorería se encuentra bajo la responsabilidad de la Mtra. Luz María Vigueras Melo.
El 27 de enero del año 2015 la Dirección de Recursos Financieros estuvo cargo de la L.C. María Cristina Romero Ortega. En el año 2015 se reforma la estructura organizacional de la Dirección, incorporando el Departamento de Caja General y el Área de Calidad.
A partir del día 16 de diciembre del 2016 a la fecha, la titularidad de la Dirección de Recursos Financieros está a cargo de la L.C. Estela Galindo Ortega.
El 8 de febrero de 2019 se reforma la estructura de la Dirección de Recursos Financieros separando al Departamento de Control Presupuestal de la estructura, quedando como únicos departamentos, Contabilidad y Caja General; la titularidad de la dirección queda a cargo de la Mtra. Maricela Escárcega Ramírez, en la Subdirección es nombrado el L.C. Leo Martinez Acosta, como Jefa del Departamento de Contabilidad la L.C. Calipso Granada Escobar y como Jefe del Departamento de Caja General el Lic. Fredy Tomas Ávila Santander.