El primer antecedente de la Contraloría General en la UAEH, lo encontramos en lo que fue la Tesorería en el Instituto Científico y Literario y en el Instituto Científico y Literario Autónomo.
En el año de 1976 se crea, por acuerdo del entonces Rector, Ingeniero Carlos Herrera Ordóñez, el Departamento de Contraloría, dependiente de la Secretaría General, nombrando para cumplir dicho encargo al Lic. Enrique Gutiérrez Escobedo.
En el año de 1979, se modifica la estructura orgánica, transformándose de Departamento de Contraloría a Dirección General de Contraloría.
Es en el año de 1983, cuando se modifica la Dirección General de Contraloría para convertirse en lo que fuera la Dirección General de Auditoría establecida en el artículo 96 del Estatuto General de esta máxima casa de estudios.
En el año de 2006, el entonces Rector C.D. Luis Gil Borja, anunció la creación de la Oficina del Contralor de la Gestión Universitaria, innovando las funciones que hasta entonces venía desempeñando la Dirección General de Auditoría.
El día 04 de agosto de 2008, el Honorable Consejo Universitario aprobó la nueva estructura orgánica y las modificaciones al Estatuto General en dónde aparece como tal la Contraloría General, especificando su objetivo y atribuciones quedando plasmado en la Sección Séptima, artículos 101 y 102.
En sesión ordinaria de fecha 1° de diciembre del año 2015, es aprobada la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Estado de Hidalgo, presentada por el Titular del Poder Ejecutivo del Estado, reconociendo en su artículo 50 a la Contraloría General como el órgano oficial de fiscalización interna de la institución que tiene como objetivo diseñar, preparar y procesar la información que permita vigilar, evaluar y confirmar el cumplimiento de las funciones sustantivas y adjetivas de la Universidad.
En observancia a la normatividad institucional, el día 31 de mayo del 2017, es nombrado Contralor General de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, el Contador Público Ramiro Mendoza Cano.
El 28 de junio de 2019, en virtud de la modificación del Estatuto General de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo en materia de Control Interno, se reforma la Contraloría General como un órgano oficial de Control Interno, especificando sus funciones y atribuciones en el Título Tercero: Del Gobierno Universitario, Capítulo II: Del Honorable Consejo Universitario artículos 77 y 78.
El 1 de julio de 2020, el Señor Rector Adolfo Pontigo Loyola, nombra como Encargada del Despacho de la Contraloría General a la Mtra. Hannia Ingrid Salinas González y posteriormente en Sesión Ordinaria del Honorable Consejo Universitario, celebrada el 11 de septiembre del 2020 se aprueba por unanimidad de votos la designación de la persona titular de la Contraloría General, a la Maestra Hannia Ingrid Salinas González, siendo en su reciente administración la aprobación del Reglamento de la Contraloría General el 30 de noviembre de 2020, dando origen a la creación de la Dirección de Control, Dirección de Auditoría, Dirección de Supervisión Patrimonial y Dirección de Responsabilidad Administrativa.
Asimismo, el día 14 de enero de 2021 es nombrada la Mtra. Karime Denisse López Meneses como Directora de Control, a la Mtra. Karen Itzel Campos Juárez como Directora de Auditoria y a la Mtra. Nelly Santillán Tapia como Directora de Responsabilidad Administrativa.
Bajo la administración del Señor Rector Doctor Octavio Castillo Acosta, el 21 de septiembre del 2022 es nombrado el Mtro. Emilio Ruiz Vargas como Director de Supervisión Patrimonial y el 15 de noviembre del mismo año es nombrada la Licenciada en Contaduría Karen Flores Rubio como Subcontralora General.