El 2 de diciembre de 1867, el Presidente Juárez reformó el sistema educativo de la nación. Y el 3 de febrero de 1868, abre sus puertas la Escuela Nacional Preparatoria, bajo la dirección del Dr. Gabino Barreda.

Un grupo de pachuqueños formaron la Sociedad Protectora de Instrucción Secundaria, con el afán de crear una escuela semejante a la Nacional Preparatoria; con la finalidad de preparar a los jóvenes para un mejor desarrollo económico.

Los miembros de la Sociedad, enviaron una petición al gobernador C. Doria, mediante la cual solicitaban la creación de un “Instituto Literario y Escuela de Artes y Oficios” en la ciudad de Pachuca. El 3 de marzo de 1869, se realizó la ceremonia de inauguración del Instituto.

Hubo un constante progreso del Instituto durante la penúltima década del siglo XIX. Por lo que se refiere a modificaciones y/o adecuaciones a los planes de estudio, la influencia de la Nacional Preparatoria fue como siempre determinante en las políticas académicas del Instituto.

En 1948 se lleva la petición al Ejecutivo, para crear la Universidad Hidalguense, surgiendo así el Instituto Científico Literario Autónomo del Estado. En el reglamento de 1948 no hubo modificaciones para planes de estudio de la preparatoria, continuando el modelo positivista de la educación secundaria y preparatoria.

El 24 de febrero de 1961, el Congreso aprobó el decreto que creaba la Universidad Autónoma de Hidalgo mediante la emisión de su ley orgánica con 34 artículos y 5 transitorios.

El artículo 5º se refiere a su integración y señala a las siguientes dependencias:

Escuelas.- de Filosofía y Letras, Medicina, Derecho, Ingeniería, Enfermería y Obstetricia de Tula, Enfermería y Obstetricia de Sahagún, Escuela Preparatoria de Pachuca (actualmente Preparatoria 1), Escuela Preparatoria de Tulancingo (actualmente Preparatoria 2), Escuela Preparatoria de Tula y Escuela de Trabajo Social.

La Preparatoria de Tulancingo comienza su primera etapa en el edificio que ocupa hasta ahora la escuela “Lic. José Ma. Lezama”, llevando este nombre hasta el año de 1966. Ante la creciente demanda de educación media superior, el Consejo Universitario aprueba el 18 de Mayo de 1966, el cambio de denominación a "Escuela Preparatoria Número Dos". En el año de 1973 se construye y ocupa su actual edificio situado en el Km. 1 de la carretera Tulancingo a Santiago Tulantepec, Hgo., en una superficie de siete hectáreas en las que se construyeron: áreas administrativas, 8 aulas, 3 laboratorios, espacios deportivos, y un audiovisual.

Debido a la creciente población estudiantil y a la gran aceptación social con que cuenta la Preparatoria Número Dos, la infraestructura se ha incrementado para brindar más servicios y de mejor calidad (ver infraestructura).

Han fungido como directores:

1966-1967 Lic. Rafael Arriaga Paz.
1967-1974 Lic. Enrique Gutiérrez Escobedo.
1974-1976 Lic. Yolanda Mejía Velasco.
1976-1982 Lic. Daniel Román Arteaga.
1982-1985 Lic. Lauro Perea Montiel.
1985-1986 Lic. José Luis Ángeles Becerra.
1986-1988 Lic. Jesús Iral Acosta Torres.
1988-1991 Lic. Jesús Rodríguez Sosa.
1991-1994 Lic. Pablo Gómez Escamilla.
1994-1998 Lic. Marco Antonio Alfaro Morales.
1998-2002 Lic. Marco Antonio Alfaro Morales. (Reelección)
2002-2006 a la fecha Lic. Adrián Gustavo Cruz Mendoza.

2006- a la fecha Lic. Adrián Gustavo Cruz Mendoza (Reelección)

La evolución de la Escuela Preparatoria Número Dos, es trascendental en la región de Tulancingo y sus municipios aledaños, se ha convertido en el único centro de educación media superior vanguardista e innovador. Con la visión de ser el mejor centro de formación de nivel medio superior certificado en calidad educativa, donde se impulsan y potencian habilidades, aptitudes, actitudes y valores de cada individuo integrante de esta comunidad.